Да в общем, ни каких конфликтов при обновлении и нету.
В последней версии 1.5.6, во время установки, все поля с данными для подключения базы очищены, и оставлены только подсказки (демо).
Больше, название базы и префиксы таблиц не подставляются автоматом.
Теперь, нужно самому все поля заполнять.
В целях повышения безопасности, лучше создавать базу и указывать префиксы, отличные от подсказок.
Во время обновления, при импорте, используются данные от уже существующей базы.
Проблема с переименованием префиксов может возникнуть только при наложении патчей.
И то в редких случаях. Большинство патчей не используют SQL-запросы.
Но, тут ничего не поделаешь, патчи устанавливаются в ручном режиме.